Kegiatan ekstrakurikuler merupakan kegiatan tambahan di luar kegiatan belajar mengajar yang biasanya dilakukan di madrasah yang tentu saja memiliki banyak manfaat.

Kegiatan ini dapat mengembangkan diri agar peserta didik menjadi lebih
aktif, mempelajari kehidupan sosial, dan dapat mengembangkan karir peserta didik, selain itu ekstrakurikuler dapat memperdalam pengetahuan, memperluas wawasan, menambah keterampilan, dan membentuk karakter peserta didik sesuai dengan minat dan bakat setiap individu. Salah satu ekstrakurikuler yang diadakan di MIN 3 Purworejo adalah pramuka, dan merupakan ekstrakurikuler wajib yang harus diikuti siswa kelas 3 sampai dengan kelas 5.

Dengan kegiatan pramuka dimadrasah diharap dapat mengajarkan kemandirian, menyelesaikan masalah, bersosialisasi, dan kerja sama. Pada ekstrakurikuler pramuka peserta didik diajarkan untuk bisa menguasai teknik- teknik dalam pramuka, serta memberikan pemahaman tentang hidup mandiri dan bergotong royong juga saling tolong menolong.