Ekstrakurikuler Taekwondo merupakan salah satu ekstra pilihan yang diselenggarakan di MIN 3 Purworejo dimana ekstra ini melatih kekuatan, kelincahan dan kecepatan peserta didik. Dengan mengikuti ekstra Taekwondo, siswa mampu meningkatkan kebugaran tubuhnya dengan melakukan olahraga/kegiatan ekstra yang ada di madrasah.

Selama mengikuti ekstra taekwondo, siswa diajak untuk melakukan berbagai teknik bela diri diantaranya teknik pukulan, tangkisan, tendangan dan lain sebagainya. Dari kegiatan ini diharapkan kedepannya siswa mampu mengikuti kejuaraan Taekwondo mulai dari kejauraan nasional hingga kejuaraan tingkat internasional yang nantinya mampu mengharumkan nama madrasah, siswa, pelatih dan orang tua.

Hasil dari kegiatan ekstrakurikuler Taekwondo siswa MIN 3 Purworejo, sudah membuktikan dengan mampu menjuarai pertandingan dari tingkat Kabupaten hingga tingkat Nasional.